Chapitre 3
Covidence
Partie II : Débuter avec Covidence
II.1. Création d’un projet
Covidence est une plateforme en ligne conçue pour faciliter la gestion complète du processus de revue systématique, depuis l’importation des références jusqu’à l’extraction des données. Son interface conviviale et ses fonctions collaboratives en font un outil incontournable pour les chercheurs en santé souhaitant mener des revues méthodologiquement rigoureuses et bien structurées. Pour créer un projet, il faut suivre les étapes suivantes :
1. Créer un compte sur le site covidence.org à l’aide d’un compte personnel ou institutionnel.
2. Créer un nouveau projet
Pour créer un nouveau projet, l’apprenant doit cliquer sur l’onglet Start a new review (voir la figure ci-dessous).
3. Préciser le type de revue à réaliser
L’apprenant doit préciser le type de revue à réaliser. Par exemple : une revue systématique, une revue de portée (scoping review) ou encore une revue rapide (rapid review). Le but est de permettre à la plateforme d’adapter des paramètres propres aux exigences méthodologiques de chaque type de revue. Voir la figure ci-dessous.
4. Envoyer des invitations
Covidence favorise également le travail collaboratif : il est possible d’inviter des collègues, des cochercheurs, des étudiants ou des encadreurs à rejoindre le projet. Chaque collaborateur dispose d’un rôle défini (relecteur, administrateur, etc.), ce qui facilite la répartition des tâches et le suivi collectif du processus de revue.
II.2. Importation de références
Après la création du projet, la première étape consiste à importer les références bibliographiques. Celles-ci peuvent provenir de bases de données comme PubMed, CINAHL, Scopus ou Web of Science, et sont souvent gérées préalablement dans un logiciel de gestion bibliographique, tel qu’EndNote.
Covidence accepte les fichiers au format .RIS, générés lors de l’exportation des références depuis EndNote. Une fois le fichier importé, la plateforme procède automatiquement à la détection et à la suppression des doublons, ce qui permet d’obtenir un corpus de données unique et épuré. Ensuite les références peuvent être organisées par lots ou par étapes qui facilite la planification du criblage et la gestion du flux de travail.
II.3. Sélection des études
La sélection des références constitue une étape cruciale du processus de revue. Dans Covidence, cette phase se déroule en deux temps :
- Le tri des titres et des résumés (Title and Abstract Screening) : les utilisateurs examinent rapidement les titres et les résumés pour déterminer la pertinence des études selon les critères d’inclusion et d’exclusion préalablement définis.
- Lecture en texte intégral (Full-text Review) : les articles retenus lors de la première phase sont lus intégralement afin de confirmer leur admissibilité.
Covidence permet d’effectuer un vote en double, c’est-à-dire que chaque référence est évaluée indépendamment par au moins deux relecteurs. En cas de désaccord, la plateforme propose un mécanisme de résolution des conflits. Cette double vérification renforce la rigueur scientifique et la transparence du processus de sélection.
II.4. Extraction des données
Une fois les études incluses, Covidence facilite l’extraction des données à partir d’un formulaire personnalisable. Les utilisateurs peuvent créer des champs spécifiques selon les besoins de leur recherche : nom des auteurs, objectifs, méthodologie, population étudiée, échantillon, interventions, résultats, limites, etc. Les données extraites peuvent ensuite être exportées vers des outils d’analyse statistique ou de visualisation, tels qu’Excel, R ou SPSS, afin d’approfondir l’interprétation des résultats. Cette fonctionnalité permet d’assurer la cohérence et la traçabilité de l’ensemble du processus analytique.
II.5. Suivi de l’avancement
Covidence offre un tableau de bord dynamique qui permet de suivre, en temps réel, la progression du projet : nombre d’articles à cribler, à lire, à extraire, ou en attente de décision.
Cette visualisation globale du flux de travail aide les équipes à planifier efficacement leurs tâches et à identifier les étapes nécessitant une attention particulière.
En outre, la plateforme permet de générer automatiquement un diagramme PRISMA, outil essentiel pour documenter le processus de sélection des études selon les normes internationales de transparence en recherche.
Part III : Passer de EndNote à Covidence
Une fois que la bibliothèque de références est prête à être utilisée, les chercheurs ou les bibliothécaires procèdent au dépistage (screening) des références pour extraire les données les plus pertinentes. Ces données seront par la suite utilisées pour soutenir les étapes ultérieures de la synthèse des connaissances.
La sélection des articles pertinents peut être une tâche laborieuse. Dans ce manuel, nous souhaitons vous présenter la manière dont Covidence peut faciliter ce processus de sélection, ainsi que vous initier aux principales étapes des revues systématiques pour ceux qui désirent approfondir leurs connaissances.
- Sélectionner les références pertinentes dans EndNote.
Commencez par repérer les articles que vous souhaitez exporter de votre bibliothèque EndNote vers Covidence pour le dépistage.
Pour ce faire, sélectionnez les références pertinentes : vous pouvez utiliser Ctrl + A pour tout sélectionner, ou choisir seulement certains articles en maintenant la touche Maj (Shift) enfoncée tout en cliquant sur les références souhaitées.
- Exporter ces références au format .RIS.
Une fois les références sélectionnées, cliquez sur File > Export dans le menu situé en haut à gauche. Une nouvelle fenêtre s’ouvrira : elle vous permettra de choisir l’emplacement d’enregistrement du fichier ainsi que le format d’exportation.
Comme Covidence accepte les formats EndNote XML, PubMed, ou RIS (texte), sélectionnez l’un de ces formats, puis enregistrez le fichier exporté.
- Importer le fichier.RIS dans Covidence.
Après avoir exporté les références au format .RIS voici les étapes à suivre pour les importer dans Covidence :
i-Connectez-vous à Covidence et ouvrez votre projet de revue.
ii-Dans le menu du projet, sélectionnez « Import » situé en haut de la page d’accueil.
iii-Sélectionnez à quel endroit vous souhaitez placer les références exportées (étape de tri par titre, par texte intégral, etc.).
Vous pouvez également indiquer la source de la base de données à partir de laquelle vous avez obtenu les références.
iv- Sélectionnez ou faites glisser votre fichier .RIS dans la zone « upload file ». Une fois que tout est configuré, cliquez sur « Importer » pour continuer.
- Vérifier que toutes les références sont correctement transférées.
Une fois que toutes les étapes précédentes sont correctement exécutées, Covidence va exécuter automatiquement l’importation de l’ensemble des références sélectionnées. À la fin de l’importation, un message de confirmation est affiché. Ce message indique le nombre de référence transférée. Il est recommandé de vérifier que toutes les références sont bien transférées. Pour cela, n’hésitez pas à comparer le nombre affiché par Covidence avec le nombre total de références sélectionnées lors de l’exportation. L’importation est considérée complète si les nombres sont identiques. Sinon cela veut dire que l’importation est incomplète. Cela peut être occasionné par plusieurs raisons notamment : certaines références ont été rejetées ou mal formatées; Covidence peut avoir détecté des doublons qui ont été supprimé.
Remarque : Covidence n’est pas nécessairement accessible gratuitement à tous les établissements universitaires. Par exemple, les étudiants et les professeurs de l’Université de Montréal ont accès gratuit à Covidence. Nous vous fournissons donc ci-dessous des liens vers d’autres outils de synthèse des connaissances.
Outils de synthèse des connaissances :
